Peristiwa itu terjadi beberapa hari setelah referendum otonomi di wilayah mayoritas Muslim itu dimenangkan suara "Ya" (mendukung).
Ledakan pertama muncul di dalam katedral di Jolo, di Provinsi Sulu, disusul ledakan kedua di tempat parkir mobil, hingga menewaskan personel militer dan warga sipil, kata pejabat.
Belum ada pihak yang mengaku bertanggung jawab atas ledakan tersebut.
Pengeboman terjadi setelah muncul pengumuman pada Jumat, yang menyebutkan bahwa daerah itu, wilayah mayoritas Muslim di negara yang mayoritas penduduknya memeluk Katolik, mengesahkan rencana pemerintahan mandiri pada 2020. Langkah tersebut meningkatkan harapan perdamaian di negara itu, yang beberapa wilayahnya dilanda konflik, sekaligus salah satu negara termiskin di Asia.
Referendum pada Senin lalu menghasilkan 85 persen suara dukungan bagi pembentukan wilayah otonomi bernama Bangsamoro. Meskipun Sulu menjadi salah satu dari sedikit daerah yang menolak otonomi, daerah itu tetap akan menjadi bagian entitas baru tersebut.
Menteri Pertahanan Delfin Lorenzana menyebut serangan itu sebagai tindakan pengecut dan meminta warga setempat untuk waspada dan bekerja sama dengan pihak berwenang untuk mencegah terorisme menang.
"Kami akan menggunakan kekuatan penuh hukum untuk mengadili para pelaku di balik insiden ini," kata Lorenzana dalam sebuah pernyataan.
Warga sipil menanggung serangan itu, yang juga menewaskan tujuh tentara.
Juru Bicara Komando Militer Mindanao Barat Kolonel Gerry Besana mengatakan pemeriksaan material bom akan mengungkap dalang serangan.
Kepala Kepolisian Nasional Oscar Albayalde mengatakan gerilyawan kelompok Abu Sayyaf kemungkinan terlibat dalam insiden itu.
"Mereka ingin menggangu keamanan dan ketertiban, mereka ingin unjuk kekuatan dan menabur kekacauan," kata Albayalde di radio.
Jolo adalah benteng Abu Sayyaf, yang dikenal lewat serangkaian pengeboman dan kebrutalan, serta berbaiat kepada ISIS. Gerilyawan kelompok itu juga sering terlibat dalam pembajakan dan penculikan.
Referendum pekan lalu digelar pada masa-masa kritis Filipina, yang berharap dapat mengakhiri konflik separatis puluhan tahun di Mindanao yang menurut para ahli telah meningkatkan ekstremisme.
Konflik itu dikhawatirkan dapat menarik gerilyawan asing ke Mindanao untuk memanfaatkan perbatasan yang rapuh, hutan dan pegunungan, serta melimpahnya persenjataan, sebut Reuters.
Baca juga: Enam orang tewas dalam serangan bom mobil di Filipina
Baca juga: Enam tewas dalam ledakan bom malam tahun baru di Filipina
(AL)